Autorzy DC Universe Online stali się nieco bardziej rozmowni na temat historii opowiadanej w grze. Zaraz po stworzeniu postaci spotkamy się z Supermanem, który wprowadzi nas w podstawy panującego kryzysu. Superbohater będzie naszym przewodnikiem, od którego nauczymy się podstaw świata, z nim też trafimy na główne tereny gry.
Już na starcie stoczymy pierwsze pojedynki z łotrami, pokazując Człowiekowi ze Stali, że jesteśmy przydatnym sprzymierzeńcem. Okazuje się, że inni obdarzeni mocami są porywani, a nam przyjdzie pomóc w ich uwolnieniu. Na swej drodze spotkamy też Batmana i Wonder Woman, którzy zlecą nam odrębne, ale wciąż związane z główną fabułą zadania.
Twórcy zaznaczają, że zrywają z terenami startowymi. Zostaniemy rzucamy w samo centrum uniwersum DC, spotykając najgorszych oprychów. Oczywiście, o ile sami zaczniemy jako łotr, fabuła prowadzona będzie w inny sposób. Pamiętać jednak należy, że wtedy naszymi sojusznikami będą osoby bardzo złożone. Joker na przykład nie będzie troszczyć się naszym alter ego, a jeżeli tylko okaże się to przydatne, skaże nas na śmierć…